Nogometni klub Istra 1961 nastao je na temeljima bivšeg nogometnog kluba Uljanik, koji je najveći uspjeh u povijesti kluba ostvario ulaskom u Prvu Hrvatsku nogometnu ligu u sezoni 2003/2004 kada je nakon osvojenog prvog mjesta u prvenstvu južne skupine Druge lige, momčad predvođena trenerom Igorom Pamićem, prvoligaško društvo izborila u kvalifikacijskim utakmicama s čakovečkim Međimurjem.
Godina u nazivu kluba (1961.) odnosi se na godinu kada je u Puli jednoglasno donijeta odluka da se NK Uljanik i tadašnja NK Pula spoje u novi klub pod imenom NK Istra. Novi je klub već sljedeće sezone, 1961/62. nakon osvajanja prvog mjesta u prvenstvu Riječke nogometne zone, nakon kvalifikacijskih utakmica uspio izboriti natjecanje u Drugoj saveznoj ligi, nakon odigrane odlučujuće kvalifikacijske utakmice u Zadru.
Neriješeni izvori financiranja i nedostatak financijskih sredstava kao stalni pratitelj pulskog nogometa biti će razlogom da se u drugoligaškom natjecanju NK Istra zadržala do 1967. godine, kada u sezoni 1967/68 nastavlja natjecanje u prvenstvu nogometne zone Rijeka-Pula. Kao prvak pulskog nogometnog podsaveza, u istom je natjecanju i NK Uljanik koji je 1964. godine nastavlja tri godine ugašenu aktivnost. Reorganizacijom sustava natjecanja u sezoni 1968/69 NK Istra kao drugoplasirana momčad u prvenstvu nogometne zone Rijeka-Pula ulazi u jednu od četiri skupine novoformirane Drugu savezne lige u kojoj se zadržava tek jednu sezonu. Novi povratak u drugoligaško natjecanje NK Istra ostvaruje 1971. godine nakon pobjede u kvalifikacijskim utakmicama s velikogoričkim Radnikom. U drugoligaškom natjecanju NK Istra se zadržava tek dvije sezone nakon kojih natjecanje nastavlja u Hrvatskoj ligi. Organizacijom tombole u klupskom restoranu na Gradskom stadionu pronađen je izvor financiranja kluba, što će osamdesetih godina prošlog stoljeća biti putokaz i ostalim pulskim sportskim klubovima kojima će klupske tombole postati značajan izvor financiranja.
U sezoni 1977/78 NK Uljanik osvaja prvenstvo Regionalne lige koje mu je omogućavalo ulazak u natjecanje Hrvatske nogometne lige u kojoj se natjecala i NK Istra. No, sportski i politički čelnici grada smatrali su da Pula ne može imati dva kluba u natjecanju Hrvatske nogometne lige te da se NK Istri kao nositelju kvalitetnog nogometa u Puli omoguće optimalni uvjeti za ulazak u Drugu saveznu nogometnu ligu. Već u sezoni 1978/79 nakon dviju kvalifikacijskih utakmica sa slavonskobrodskim BSK, Istraje uspjela izboriti drugoligaški status koji uspijeva zadržati tek jednu natjecateljsku sezonu.
NK Uljanik u sezoni 1982/83 osvaja prvenstvo Regionalne lige pa unatoč odluci gradskih sportsko-političkih foruma, u idućoj sezoni, u natjecanju Republičke lige sudjeluju oba pulska kluba, NK Istra i NK Uljanik.
Uspostava slobodne i neovisne hrvatske države i raspad Jugoslavije donosi velike promjene na svim područjima, pa tako i u sportskim aktivnostima. Raspadaju se nogometna natjecanja na razini bivše države, te Hrvatski nogometni savez donosi odluku o formiranju Hrvatske nogometne lige u kojoj bi se između dvanaest klubova natjecala i NK Istra. Pulski je nogomet tada krenuo novim stazama pokušavajući pronaći svoje mjesto na nogometnoj karti nove države.
U ožujku 1993. godine započeli su radovi na Gradskom stadionu pa je pulski prvoligaš svoje utakmice igrao na igralištu SRC Valkane, a iduće sezone na većem stadionu SRC Uljanik na Verudi. Dvije i pol godine nakon početka radova na Gradskom stadionu, 9. travnja 1995. godine svečano je obilježen završetak gradnje prve faze izgradnje, a čast rezanja vrpce zasluženo je pripala pulskoj nogometnoj legendi Aldu Drosini. Osam godina poslije, 2003. godine, pulski će se Gradski stadion nazvati njegovim imenom. Osvajanjem prvog mjesta u natjecanju treće lige u sezoni 2000/2001. NK Uljanik započinje svoj uspon koji će zahvaljujući sustavnom radu i stabilnim uvjetima financiranja već za nekoliko sezona preoteti NK Istri epitet najboljeg gradskog kluba.
U ožujku 2003. godine na stadionu na Verudi odigran je posljednji prvenstveni susret II HNL dvaju najboljih pulskih klubova pod imenima NK Istra i NK Uljanik, a zanimljivo je da su na trenerskim klupama sjedili otac i sin Scoria. Istrine nogometaše vodio je otac Sergio, a na klupi „brodograditelja“ bio je sin Elvis. Pobjedom od 3:0 NK Uljanik je nakon više od četrdeset godina ponovo preuzeo ulogu najkvalitetnijeg pulskog nogometnog kluba.
Te je 2003. godine NK Uljanik ostvario je povijesni uspjeh plasiravši se u finale Hrvatskog nogometnog kupa. Nakon što su eliminirali prvoligaše Osijek i Kamen Ingrad, „brodograditelji“ su uspjeli izboriti finale kupa protiv Hajduka a uspjeh je bio tim veći što u povijesti nogometa u samostalnoj Hrvatskoj do tada to nije uspjelo niti jednom drugoligašu. Momčad Puljana te sezone predvođena trenerom Elvisom Scoriom su u finalu igrali sa splitskim Hajdukom – prvi susret igrao se u Puli 21. svibnja 2003. godine pred osam tisuća gledatelja i završio je pobjedom Hajduka od 0:1 pa su „brodograditelji“ bez nade otputovali na uzvratni susret na splitski Poljud. Pobjedom od 4:0 Hajduk je osvojio Rabuzinovo sunce, pehar koji se dodjeljuje pobjedniku Hrvatskog nogometnog kupa, a nažalost te godine Hajduk nije bio i prvak Hrvatske pa se “brodograditelji” kao finalisti kupa ipak nisu plasirali u europske kvalifikacije.
U trenutku kad se uvidjelo da klub nadilazi sindikalne i amaterske osnove, s imenom brodogradilišta u državnom vlasništvu i s državnim poticajima, čelnici „brodograditelja“ odlučili su se na promjenu imena kluba u NK Pula 1856 (godina osnivanja arsenala odnosno pulskog brodogradilišta Uljanik). Nakon osvojenog prvog mjesta u prvenstvu južne skupine druge lige u sezoni 2003/04, ulazak u prvoligaško društvo izborili su u kvalifikacijskim utakmicama s čakovečkim Međimurjem.
Sponzorskim ugovorom s Daruvarskom pivovarom, u sezoni 2005/06 klub je promijenio ime u NK Pula Staro češko. Nakon uspješne sezone u kojoj je u prvoligaškoj konkurenciji osvojeno sedmo mjesto te nakon raskida suradnje s Daruvarskom pivovarom, prvoligaško natjecanje u sezoni 2006/07 klub započinje s novim imenom NK Pula. Uz klub kojemu je zbog nedostatka izvora financiranja prijetilo gašenje stali su gradski i županijski čelnici, a predsjednik kluba postao je istaknuti gospodarstvenik Darko Jergović, koji je dio izvora financiranja pronašao u sponzorstvima velikih državnih tvrtki. Unatoč tome, te sezone pulski nogometaši su ponovno napustili prvoligaško društvo. U ljeto 2007. godine, nakon nekoliko neuspješnih pokušaja spajanja s pulskim trećeligašem NK Istrom, klub mijenja ime u NK Istra 1961 koje nosi i dan danas. Bila je to peta promjena imena u šest godina (NK Uljanik, NK Pula 1856, NK Pula Staro češko, NK Pula).
Najbolji gradski klub baštinio je ime NK Istre, kluba koji je od svog osnivanja 1961. godine nakon spajanja NK Pule i NK Uljanika bio nositelj kvalitetnog nogometa na istarskom poluotoku te bio prepoznatljiv na svim nogometnim terenima na ovim prostorima. Prepoznala je to i pripadnici navijačke skupine Demoni koji su stali uz klub.
Plava boja dresova zamijenjena je zeleno-žutom bojom pulskog gradskog grba, odnosno bojama grada Pule. Nakon rušenja centralne tribine stadiona, 5.ožujka 2009. godine započeli su radovi druge faze gradnje gradskog stadiona, a iste godine NK Istra 1961 osvojila je naslov prvaka jedinstvene Druge lige, pa je Pula ponovno dobila prvoligaša.
U prosincu 2009. godine, na izbornoj skupštini kluba za novog predsjednika NK Istra 1961 izabran je ruski poduzetnik Mikhail Shcheglov, nogometni zaljubljenik, bivši član uprave moskovskog Spartaka i direktor FC Himkija iz istoimenog ruskog grada. On se nastanio u Puli i pristao na ulaganje u pulski klub, čime je postao prvi stranac na čelu jednog hrvatskog kluba. Na toj je sjednici usvojena i odluka o preregistraciji kluba iz udruge građana u sportsko dioničarsko društvo, što je trebao biti prvi korak prema privatizaciji kluba.
Angažmanom Grada Pule i završetkom gradnje pulskog gradskog stadiona, u veljači 2011. godine koji je otvoren utakmicom reprezentacija Hrvatske i Češke, stekli su se uvjeti da Pula ima stabilnog prvoligaša. U lipnju 2011. godine klub iz Udruge prelazi u dioničko društvo i službeni naziv glasi NK ISTRA 1961 S.D.D.
Predsjednik i vlasnik u početku snima situaciju, postepeno slaže kockica te ulaže u klub. Provođenjem svoje vizije i odabirom pravih nogometnih poteza (dovođenje trenera Pamića u proljeće 2011. godine) Mikhail Shcheglov jasno pokazuje svoje razmišljanje o izgledu novog kluba, konkurentnog na nogometnom tržištu, koji se neće stalno boriti za opstanak, već će igrati zapaženu ulogu u HNL-u, a za sve to ima i ne dvosmislenu podršku grada Pule i njenog gradonačelnika Borisa Miletića.
Klub pod vodstvom trenera Igora Pamića u sezoni 2012/2013. zauzima šesto mjesto u „ligi 12“, a u idućoj sezoni 2013/14 NK Istra 1961 ponovno je osvojila šesto mjesto ali u Ligi 10 te bila polufinalist Hrvatskog nogometnog kupa.
U lipnju 2015. g. američki investitori vezani uz odvjetnika Michaela Glovera, otkupili su većinski paket dionica kluba od Mihaila Ščeglova te time postali većinski vlasnici kluba.
Nakon tri natjecateljske sezone američki investitori odustali su od ulaganja u klub tijekom sezone 2017/18. pa se NK Istra našla u financijskim problemima koje su u pitanje doveli opstojnost kluba. Pulski nogometaši bez izvora financiranja, prepušteni pomoći tek nekolicini prijatelja i podupiratelja kluba ispisali su tada jednu od najdramatičnijih ali i najljepših priča u pulskoj nogometnoj povijesti.
Igrači koji u zimskoj pauzi nisu napustili klub, nekolicina igrača posuđenih iz drugih klubova te juniora predvođenih trenerom Darkom Raić Sudarom i kapetanom Aljošom Vojnovićem ipak su započeli s pripremama za proljetni nastavka prvenstva i u dvije kvalifikacijske utakmice s Varaždinom uspjeli ostati u prvoligaškom natjecanju.
Odlučujuću kvalifikacijsku utakmicu u Varaždinu NK Istra 1961 odigrala je u sastavu: Marijan Ćorić, Aleksandar Jovičić, Ivan Zgrablić, Franjo Prce, Antonio Pavić, Aljoša Vojnović, Kristijan Jakić, Renato Escobar Barufi, Dino Halilović, Goran Roce, Andrea Ottochian.
Prije početka sezone 2018/19. NK Istru 1961 je od američkih vlasnika otkupila
španjolska grupacija Baskonia-Alaves u vlasništvu Jose Antonia Querejete Altune.
Pobjedom nad rivalom HNK Rijekom (3:2) NK Istra 1961 je 14. travnja 2021.g. uspjela izboriti finale Hrvatskog nogometnog kupa i tako ponoviti najveći uspjeh pulskog i istarskog nogometa kad je taj uspjeh 2003. g. postigao tada drugoligaš NK Uljanik.
Finale Hrvatskog Kupa igralo se 19. svibnja 2021. godine na stadionu Velika Gorica protiv GNK Dinamo, a utakmica je završena rezultatom 6:3 u korist Dinama. Ipak, ovo je bio povijesan rezultat za klub koji će se pamtiti generacijama.