S ciljem rasta i razvoja sporta i povečanja kvalitete nogometa u Istri, NK Istra 1961 potpisala je suradnju sa mnoglim Istarskim klubovima.
Trenutno je suradnja sklopljena sa 9 Istarskih klubova a to su:
NK VIŠNJAN
NK KAŠTELIR LABINCI
NK DINAMO MARIJA NA KRASU
NK BUZET
NK TAR
NK PETROVIJA
NK FUNTANA
NK ARNE-PERUŠKI
NK DAJLA